Chakra:

Chakra to energia która jest połączeniem siły woli i siły fizycznej. Chakra wypływa z każdej komórki ciała shinobi. Dzięki niej ninja potrafi wykonywać techniki, chodzić po drzewach, wodzie, przyciągać przedmioty do siebie z małej odległości itp.   

Wyliczenie chakry:

Punkty Siły + Punkty Siły woli = X
Każdy punkt X = 10 chakry

Natury chakry:

W świecie shinobi istnieje pięć natur chakry które są silniejsze od jednej a słabsze od drugiej.

Suiton – Jest to element wody.
Doton – Jest to element ziemi,
Raiton – Jest to element błyskawicy,
Fuuton – Jest to element wiatru,
Katon – Jest to element ognia.

Natura chakry potrzebna jest do wykonania jakiejkolwiek techniki z danej natury (np. żeby wykonać Katon Housenka no Jutsu, musimy posiadać element ognia czyli Katon).

Elementy są silniejsze przeciwko jednym a słabsze przeciwko drugim:

Woda pokonuje Ogień,
Ogień pokonuje Wiatr,
Wiatr pokonuje Błyskawice,
Błyskawica pokonuje Ziemię,
Ziemia pokonuje Wodę,


Dodatkowe natury:

Pierwszą naturę chakry otrzymujemy już na początku gry. Drugą możemy rozwinąć dopiero na randze chunnin, trzecią i czwartą na randze jounin a piątą na randze elitarnego jounina.

Klany:

Niektóre klany posiadają własne natury chakry np. Moukton, Shouton czy Hyouton. Jeżeli nasza postać posiada jedną z nietypowych natur otrzymuje natychmiast natury dzięki którym powstało połączenie. Jednak następne natury może odkryć dopiero jako Sannin.